日前，我校猪遗传改良与养殖技术国家重点实验室黄路生院士团队与加州大学伯克利分校等单位合作在《Molecular Biology and Evolution》（IF=16.24）发表题为“Human-mediated admixture and selection shape the diversity on the modern swine (Sus scrofa) Y chromosomes”的研究论文，系统阐述了人类介导的渗入和选择塑造现代家猪Y染色体的多样性以及从父系遗传角度揭示猪的演化历史。黄路生院士、学校首席教授艾华水研究员和加州大学伯克利分校Rasmus Nielsen教授作为共同通讯作者、2017级博士研究生张明鹏为共同第一作者，江西农业大学作为第一通讯作者单位。
猪（Sus scrofa）是给人类提供动物蛋白的最重要来源之一，也是人类疾病研究的重要生物医学模型之一。由于猪在经济和科学研究上的重要性，人们对现代家猪的起源、进化、驯化和选择等重要基础科学问题非常关注。Y染色体多样性的维持及其进化是全球研究的热点，这一方面是因为Y染色体是父系单拷贝遗传且缺乏重组，同时更重要的是Y染色体不断在丢失基因并具有逐渐缩短的趋势。
黄路生院士团队对来自9个亚欧品种的80头代表性家猪个体进行了高深度重测序。结合团队之前发表的测序数据及公共可用数据，总共获取了一个包括27个品种205个个体的高质量数据集。在其中103头公猪中共鉴定出了42,288个可靠的Y染色体单核苷酸多态位点（SNPs），其中96.1%是新检测到的。这些高质量SNPs成为从Y染色体遗传的角度重新阐明猪进化历史的基础。
黄路生院士及其团队在研究的亚欧猪群体中发现了两个高度分化的Y染色体单倍型群：一个只存在于亚洲猪群中，另一个则存在于全部欧洲猪群中和部分亚洲猪群中。他们还发现了过去200年间家猪从欧洲到亚洲的三次独立渗透事件的群体遗传学证据，并与历史记载相互印证。此外，相对于常染色体，欧洲血统的Y染色体在部分中国猪种中处于一种过量富集状态，这一结果不能仅用性别偏倚渗入和遗传漂移来解释。基于团队花费12年时间构建的嵌合家系群体，黄路生院士团队发现欧洲Y单倍型与脂肪沉积性状存在显著负相关，基于上述结果，团队假设：中国猪群中欧洲Y染色体频率的增加是由人工选择造成的。另外，研究团队还检测到了苏门答腊野猪和亚洲野猪之间的Y染色体基因交流的证据。
上述新发现从父系遗传的角度完善了猪的群体演化历史，尤其是对现代家猪Y染色体的多样性研究具有重要意义。
ttps://academic.oup.com/mbe/advance-article/doi/10.1093/molbev/msab230/6337983
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